เมื่อเหล่านักเรียนโรงเรียนประถมฮานาโมริมาทัศนศึกษาที่เมืองเกียวโตที่ได้ชื่อว่า “เมืองภูตผี” ที่เปี่ยมไปด้วยมนตร์ขลังและความเชื่อเหนือธรรมชาติ ทั้งเรื่องราวปาฏิหาริย์ ผู้วิเศษ สิ่งศักดิ์สิทธิ์ หรือแม้กระทั่งเรื่องเล่าผีในโรงแรมที่พักที่เพียงแค่ลุกไปเข้าห้องน้ำในยามวิกาล ก็อาจพบเจอกับความสยองขวัญสุดอันตรายถึงแก่ชีวิต! แต่สำหรับนาโซโนะ ชินจิตสึ ผู้ถือคติว่า "ไม่มีปริศนาไหนที่ไขไม่ได้ด้วยวิทยาศาสตร์" กลับสั่นคลอนทุกความเชื่อ พร้อมพิสูจน์ให้ทุกคนเห็น ว่าเรื่องเหนือธรรมชาติอธิบายได้ด้วยหลักวิทยาศาสตร์ มาร่วมเดินทางทัศนศึกษาและไขปริศนาครั้งใหม่ในเมืองที่เต็มไปด้วยความเชื่อที่จะทำให้ทุกคนได้เข้าใจถึงความจริงที่ซ่อนอยู่ของเมืองภูตผีแห่งนี้